例如，当前文件夹下有很多aaa.txt, bbb.txt, ccc.txt……….等多个文件，如果想要将这些文件改名为为aaa.out, bbb.out, ccc.out……
输入命令：rename “.txt” “.out” ./*.txt
第一个引……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-11-26) 363374浏览 22340评论
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undump
语法
undump dump-ID
dump-ID为前面定义的dump命令的ID。
描述：
关闭前面定义的dump命令，使其不再执行。这个命令关闭了与dump命令相关的文件。
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舍乎
3年前 (2020-11-05) 172312浏览 17173评论
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uncompute
语法
uncompute compute-ID
compute-ID是前面定义的compute的ID
描述：
删除一个前面利用compute命令定义的compute。这同时也会清除通过compute_modify命令对compute设置的任何改变。
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舍乎
3年前 (2020-11-04) 103475浏览 14013评论
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fix_modify
语法：
fix_modify fix-ID keyword value
fix-ID是需要改变的fix的ID
可以加上一个或多个keyword/value对
keyword为temp、press、energy
temp的值是计算温度的compute ID
press的值是计算压力的compute ID
energy的值为yes 或no
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舍乎
3年前 (2020-11-03) 58915浏览 9853评论
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unfix
语法
unfix fix-ID
fix-ID是之前定义的fix命令的ID
描述：
删除之前fix命令定义的fix。这个命令同时会删除通过fix_modify命令施加给fix的其他改变。
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舍乎
3年前 (2020-11-03) 26116浏览 10035评论
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dump命令
语法：
dump ID group-ID style N files args
iD用户给dump命令定义的名字
group-ID要输出的原子组的名字
style包括atom、atom/mpiio、cfg、cfg/mpiio、dcd、xtc、xyz、xyz/mpiio、movie、molfile、local、custom、custom/mpii……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-11-02) 43711浏览 11222评论
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replicate
语法
replicate nx ny nz
nx、ny、nz是各个方向上的重复因子。
描述：
在各方向上，重复当前的构型一次或多次。例如重复因子为2 2 2时，将通过复制各个方向的区域创建一个8倍数量的原子。当重复因子为1时，模拟的区域不变。当建立了新盒子后，它也会被划分为很多盒子，然后分配给个processor（根据processors……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-11-01) 31566浏览 6793评论
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echo
语法
echo style
style可以为none、screen、log、both
描述：
这个命令决定了LAMMPS是否输出输入文件里的命令到屏幕或者log文件中。如果输入文件中存在错误，那么这个命令有助于查看最后一条执行的命令。
command-line switch –echo可以用来代替这个命令。
默认：
echo log
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舍乎
3年前 (2020-10-31) 28549浏览 7106评论
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看到很多研究人员在使用msi2lmp程序将Materials Studio模型结构转换到lammps data文件时出现很多错误，且不知道原因。所以我打算根据自己以前自学的知识和使用经验，对msi2lmp程序转化pcff力场模型的相关内容写几个笔记（个人能力有限，欢迎后期指正补充）。
想要转换并使用pcff力场，那么必须先了解一下pcff力场的知识。这第一篇……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-10-31) 95630浏览 12692评论
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timestep
语法：
timestep dt
dt是时间步长的大小（时间单位）
描述：
对下面的分子动力学模拟设置时间步长的大小。见units命令对时间单位的讨论。默认的时间步长与单位制的选择有关。
当run style为respa时，dt是外循环的时间步长。
默认：
temestep=0.005tau 当units =lj时
timestep=1.0f……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-10-30) 40098浏览 8609评论
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