fix命令
语法：
fix ID group-ID style args
ID为用户给fix命令的名字
group-ID为施加fix命令的原子组的名字
style一种类型的名字
args某些特定类型的对象
描述：
向atoms施加特定的fix命令。在LAMMPS中，fix命令是在每步的计算中或者优化过程中需要施加给体系的任何所有的操作。例如根据时间积分更新原……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-29) 30030浏览 8639评论
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include
语法：
include file
file是要转到的新的输入文件的名字。
描述：
这个命令打开一个新的输入文件，并开始从这个文件中读取LAMMPS命令。当这个新文件读取完时，再回到原来的文件。所要include的文件可以是任意长度。如果A中include了B，B中include了A，那么LAMMPS可能会运行相当长的时间。
如果文件名是个变量……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-28) 104045浏览 14481评论
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compute msd命令
语法
compute ID group-ID msd keyword values…
ID、group-ID详见compute命令
msd计算的类型。
可以添加0个或多个keyword
keyword是com
com值为yes或no
描述：
计算一组原子的mean-squared displacement（MSD），包括了原子通过……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-27) 25443浏览 7774评论
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运行msi2lmp程序可能会出现很多错误，例如unable to find ….data（查看相关笔记）、出现多余原子的错误（查看相关笔记）等等
仔细阅读README文件是了解这个程序及分析产生错误原因的基础。因此所这个笔记对LAMMPS软件内所包含的msi2lmp工具中所带的README文件的翻译。
这个翻译可以解决使用过程中出现的某些错误。下……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-26) 172174浏览 16697评论
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利用LAMMPS软件模拟获得的数据实在是太多了，一共1.7T都存在服务器上。个人电脑硬盘一共才1T。之前分析数据都是把服务器中的数据拷贝到个人电脑上分析，个人电脑是windows系统，用起来比较习惯。但是这次不行了，数据总量已经超过了我的个人电脑硬盘总量。被逼无奈只能尝试直接在服务器上查看分析数据。首先第一步就涉及到图形化显示模型。
之前一直用Windows……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-26) 27031浏览 8423评论
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Compute命令
语法：
Compute ID group-ID style args
ID用户分配给compute命令的名字
group-ID要进行计算的原子组的名字
style可能的类型之一（见下文）
args某些特定类型的对象
描述：
定义一种计算来计算一组原子的性质。利用compute命令计算的性质是瞬时值，也就是说他们是由当前步的原子信息计算得到……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-25) 28532浏览 9733评论
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thermo命令
语法：thermo N
N: 每N步输出热动力学信息。
N可以是变量
描述：
在N的整数倍步和开始结尾步，计算打印热动力学信息（例如温度、能量、压力）。如果N为0时，仅打印开始和结尾的热动力学信息。
输出的内容和形式由thermo_style和thermo_modify命令控制。
N除了可以为数值外，还可以是equal_style的变量，通……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-24) 38231浏览 11398评论
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neighbor命令
语法
neighbor skin style
skin超过力的cutoff的多出的长度（距离单位）
style为bin或nsq或multi
描述：
这个命令设置影响粒子对相邻列表的建立。在force cutoff加skin距离总和的范围内的所有原子对存储在这个列表中。通常情况下，skin距离越大，需要构建的neighbor list数量……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-23) 37601浏览 7840评论
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运行msi2lmp程序可能会出现很多错误，例如unable to find ….data（查看相关笔记）等
近期本人利用Materials Studio构建了一个含有石墨烯周期性结构的模型，在利用msi2lmp工具转换后发现模型出现多余原子。
想利用airebo势函数模拟石墨烯周期性结构，在利用Materials Studio软件构建石墨烯周期性……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-23) 32604浏览 10488评论
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1.首先下载并安装Lammps和MPICH（都在http://packages.lammps.org/windows.html下载）
2.把lmp_mpi.exe, mpiexec.exe和smpd.exe全部复制到同一个文件夹，包括in文件和data文件也需要复制到这个文件夹
3.在cmd中输入命令进入这个文件夹，然后输入命令mpiexec –localo……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-15) 52410浏览 11546评论
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