echo
语法
echo style
style可以为none、screen、log、both
描述：
这个命令决定了LAMMPS是否输出输入文件里的命令到屏幕或者log文件中。如果输入文件中存在错误，那么这个命令有助于查看最后一条执行的命令。
command-line switch –echo可以用来代替这个命令。
默认：
echo log
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舍乎
2年前 (2020-10-31) 22101浏览 6896评论
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看到很多研究人员在使用msi2lmp程序将Materials Studio模型结构转换到lammps data文件时出现很多错误，且不知道原因。所以我打算根据自己以前自学的知识和使用经验，对msi2lmp程序转化pcff力场模型的相关内容写几个笔记（个人能力有限，欢迎后期指正补充）。
想要转换并使用pcff力场，那么必须先了解一下pcff力场的知识。这第一篇……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-31) 83000浏览 11562评论
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timestep
语法：
timestep dt
dt是时间步长的大小（时间单位）
描述：
对下面的分子动力学模拟设置时间步长的大小。见units命令对时间单位的讨论。默认的时间步长与单位制的选择有关。
当run style为respa时，dt是外循环的时间步长。
默认：
temestep=0.005tau 当units =lj时
timestep=1.0f……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-30) 38830浏览 8522评论
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run：
语法：
run N keyword values
N步数
可以添加一个或多个关键字。
keyword为upto、start、stop、pre、every
upto没有值
start的值为N1
N1为第一步开始的时间步。
stop的值为N2
N2为运算结束的时间步。
pre的值为yes或no
post的值为yes 或no
every的值为M、c1、c……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-30) 90894浏览 13013评论
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fix命令
语法：
fix ID group-ID style args
ID为用户给fix命令的名字
group-ID为施加fix命令的原子组的名字
style一种类型的名字
args某些特定类型的对象
描述：
向atoms施加特定的fix命令。在LAMMPS中，fix命令是在每步的计算中或者优化过程中需要施加给体系的任何所有的操作。例如根据时间积分更新原……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-29) 30030浏览 8639评论
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include
语法：
include file
file是要转到的新的输入文件的名字。
描述：
这个命令打开一个新的输入文件，并开始从这个文件中读取LAMMPS命令。当这个新文件读取完时，再回到原来的文件。所要include的文件可以是任意长度。如果A中include了B，B中include了A，那么LAMMPS可能会运行相当长的时间。
如果文件名是个变量……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-28) 104045浏览 14481评论
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compute msd命令
语法
compute ID group-ID msd keyword values…
ID、group-ID详见compute命令
msd计算的类型。
可以添加0个或多个keyword
keyword是com
com值为yes或no
描述：
计算一组原子的mean-squared displacement（MSD），包括了原子通过……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-27) 25443浏览 7774评论
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运行msi2lmp程序可能会出现很多错误，例如unable to find ….data（查看相关笔记）、出现多余原子的错误（查看相关笔记）等等
仔细阅读README文件是了解这个程序及分析产生错误原因的基础。因此所这个笔记对LAMMPS软件内所包含的msi2lmp工具中所带的README文件的翻译。
这个翻译可以解决使用过程中出现的某些错误。下……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-26) 172174浏览 16697评论
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利用LAMMPS软件模拟获得的数据实在是太多了，一共1.7T都存在服务器上。个人电脑硬盘一共才1T。之前分析数据都是把服务器中的数据拷贝到个人电脑上分析，个人电脑是windows系统，用起来比较习惯。但是这次不行了，数据总量已经超过了我的个人电脑硬盘总量。被逼无奈只能尝试直接在服务器上查看分析数据。首先第一步就涉及到图形化显示模型。
之前一直用Windows……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-26) 27031浏览 8423评论
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Compute命令
语法：
Compute ID group-ID style args
ID用户分配给compute命令的名字
group-ID要进行计算的原子组的名字
style可能的类型之一（见下文）
args某些特定类型的对象
描述：
定义一种计算来计算一组原子的性质。利用compute命令计算的性质是瞬时值，也就是说他们是由当前步的原子信息计算得到……继续阅读 »
舍乎
2年前 (2020-10-25) 28532浏览 9733评论
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