利用msi2lmp工具转换Materials Studio模型到lammps模型时出现多余原子错误

运行msi2lmp程序可能会出现很多错误，例如unable to find ….data（查看相关笔记）等

近期本人利用Materials Studio构建了一个含有石墨烯周期性结构的模型，在利用msi2lmp工具转换后发现模型出现多余原子。

想利用airebo势函数模拟石墨烯周期性结构，在利用Materials Studio软件构建石墨烯周期性结构（赋cvff力场）后，删除碳原子之间的键。然后利用msi2lmp工具对包含石墨烯的结构进行转换。转换后的data文件中出现很多不存在的石墨烯内的碳原子，和很多完全重复的碳原子。

例如像下面的原子：

9383   2677   5  0.000000    -0.000015115     0.000044933    77.745739741   1   1   0 # c’

9384   2677   6  0.000000    -0.000015115     0.000044933    52.745739741   1   1   0 # cp

9385   2677   5  0.000000    -0.000015115     0.000044933     2.745739741   1   1   0 # c’

分析原因可能是周期性边界条件导致的，这些出现错误的原子都分布在边界处。

在利用msi2lmp工具，一定一定检查边界处的原子是否正确！！！

另外一般的可视化软件并不能显示出这些错误的原子，因为他们重叠了，用眼睛根本看不出来！！

将这些原子删除后，就可以得到所需的模型文件。注意删除之后别忘了其它相关的参数均需要修改，比方说必须要求改的 总的原子数目：XXX atoms。

一种可能的删除这些错误原子的方法：

1. 首先全部删除镜像原子，因为这些镜像原子都是错误的。
2. 然后检查是否有重复的原子。可以利用excel查找重复行。具体如下：首先将Atoms这一部分内所有的行复制到excel中（注意不要复制成为1列），然后将除了第一列之外的其他列 复制到一个txt文件中，然后再复制回到原来的excel中，注意这时必须利用“文本导入”将数据复制成1列。选中这一列，利用数据-高级筛选-选中不重复项，这时之选中了不重复的项。检查是否与之前行数相同。如果不相同说明有重复项。

上面这个方法可能只适用于我的体系，你自己必须再次检查结构是否正确。

产生错误的原因可能是在我建模过程中出现了 删除键的操作，导致边界附近的原子出现错误。

通过这个例子提醒利用Materials studio建模，并利用msi2lmp工具转换为lammps格式的同学，在转换完成后一定要自己检查转后之后的文件是否正确！！！