lammps软件neighbor命令翻译

neighbor命令

语法

neighbor skin style

skin超过力的cutoff的多出的长度（距离单位）

style为bin或nsq或multi

描述：

这个命令设置影响粒子对相邻列表的建立。在force cutoff加skin距离总和的范围内的所有原子对存储在这个列表中。通常情况下，skin距离越大，需要构建的neighbor list数量越少，但每一步中需要检查更多的原子对以确定是否存在力的作用。Skin的默认值与所选择的单位制有关。

如果neigh_modify的check选项设为yes时，Skin距离也被用来定义原子迁移到新的processors的频率。Neighbor list重新建立的同时，原子转移到新的processors。

style的值决定了选择什么方法来建立这个列表。bin类型是利用binning操作来建立列表，操作是按每个processor的原子束N/P线性分配的，N是总的原子束，P是processors的数目。它几乎总是比nsq类型要快，nsq利用(N/P)^2来分配的。对于非溶剂的非周期性盒子中的小分子，nsq方法有时更快。两个方法应该得到相同的结果。

multi类型是一个改进的binning方法，对于cutoff距离范围较大的体系较有用，cutoff与不同大小的粒子有关。对于bin方法，bin的大小为任何原子对类型之间最大的cutoff距离的一半，在寻找所有类型的原子时都使用了相同的bin值。如果只有某一类原子对的cutoff非常长，而其他都非常短时，bin方法效率较低。对于multi方法，bin值为最短的cutoff的一半，在不同原子对采用多个bin设置。这会引入多余的设置，但是对于短cutoff情况将会非常快。communicate multi命令中的某些选项对这种情况的模型同样有帮助。

neigh_modify命令含有其他选项能够控制neighbor list的建立频率和list中原子对的选择。

当一个run结束时，相邻原子的数目存在pairwise list中，建立的neighbor list的数目打印到屏幕和log文件中。

默认：

0.3 bin for units = lj, skin = 0.3 sigma
2.0 bin for units = real or metal, skin = 2.0 Angstroms
0.001 bin for units = si, skin = 0.001 meters = 1.0 mm
0.1 bin for units = cgs, skin = 0.1 cm = 1.0 mm