lammps软件compute msd命令翻译

compute msd命令

语法

compute ID group-ID msd keyword values…

ID、group-ID详见compute命令

msd计算的类型。

可以添加0个或多个keyword

keyword是com

com值为yes或no

描述：

计算一组原子的mean-squared displacement（MSD），包括了原子通过周期性边界的影响。对于 the non-Gaussian parameter of mean-squared displacement的计算，请查看compute msd/nongauss命令.

这个命令计算得到一个4单元的vector。Vector的前三个元素是dx、dy、dz方向的位移平方。统计平均了组内的所有原子。第4个元素是总的位移平方，dx*dx+dy*dy+dz*dz，统计平均组内的所有原子。

Mean-squared displacement（MSD）对时间的斜率与扩散原子的扩散系数（diffusion coefficient）成比例。

某个原子的位移是从这个compute命令开始执行时的位置开始计算的。不在组内的原子的Displacement的值为0。

如果com为yes，那么一组原子质量中心的移动的影响在计算之前会被减去。

注意：初始坐标被利用unwrapped的形式存储，利用每一个原子的image flags。详见dump custom命令中对unwrapped坐标的讨论。Read_data命令关于image flags的讨论和如何设置。你可以通过set_image命令对image flags进行重新设置。

注意：如果你想要这个命令从restart file中继续运算，那么你应该使用与原来运行时相同的compute ID。This is so that the fix this compute creates to store per-atom quantities will also have the same ID, and thus be initialized correctly with time=0 atom coordinates from the restart file.

输出信息：

这个命令计算得到一个具有四个元素的global vector，可以通过1-4的下标被任何能够实用的命令使用。

vector 的值是intensive的。单位为距离单位的平方。

默认com为no。