LAMMPS软件run命令翻译

run：

语法：

run N keyword values

N步数

可以添加一个或多个关键字。

keyword为upto、start、stop、pre、every

upto没有值

start的值为N1

N1为第一步开始的时间步。

stop的值为N2

N2为运算结束的时间步。

pre的值为yes或no

post的值为yes 或no

every的值为M、c1、c2

M为将动力学过程分为M步长的几段，在每段之间引入一个或多个命令

c1、c2、、、、、cN是LAMMPS的命令，放到引号内。

当c1为NULL时，表示没有引用命令。

描述：

运行或继续特定数量的步数的动力学过程。

当run style是respa时，N表示的是外循环的步数。

N的值可以为0，这时仅体系的热动力学性质，且输出文件没有步数。

Upto表示从当前的时间步开始运行到特定的时间步。例如当前步数为10000，且使用了run 100000 upto命令时，就会运行剩下的90000步。当运行长时间的模拟时，这是非常有用了。因为当分配的时间用完时，你的模拟将被停止。如果你想重启你的script multiple times (reading in the last restart file), 你可以继续重新开始你的脚本利用相同的run命令。

Start和stop用来进行多个run动力学，且你可以使用fix命令改变某些值来改变单过或一系列run的参数。详见fix命令。

例如：fix命令后面跟了10个run命令

fix 1 all nvt 200.0 300.0 1.0

run 1000 start 0 stop 10000

run 1000 start 0 stop 10000

..

..

..

..

run 1000 start 0 stop 10000

NVTfix将会从200跳跃到300K温度。如果run命令没有start和stop命令，只是run 1000，那么温度将会在每个run中的1000步内从200跳到300K。当加上start和stop关键字时，跳转将发生在所有run组成的整个10000内。

Pre和post用来简化setup、clean-up和运行之前或之后把输出显示于屏幕。当你想要连续进行多个运行时，这会非常有用（例如LAMMPS被叫做图书馆，在进行连续的短计算时，可以进行其他计算）

默认pre和post的值为yes，LAMMPS在每个Run之前，自动创建neighbor list，计算力，并时间fix 限制。在每个run之后都会收集输出时间相关的统计。如果某个run是之前一个run的继续（所有的设置都没变），那么不需要原始的计算，原来的neighbor list继续适用，force也是这样。所以，当pre设置为no时，初始设置将被忽略，除了打印动力学信息除外。注意：当每一个run的pre设置为no时，它将是优先的，因为首先做的是初始设置计算。

注意：如果在输入脚本中，你改变了两个run的模拟体系，那么初始设置必须执行，来保证代码的所有部分都知道了这个改变。例如，增加了fix或dump或compute命令，改变了neighbor list参数，或者写了restart的文件转移了不同processors之间的原子。LAMMPS不容易检查体系是否发生了变化，但是这种情况下当pre是no时会出错。

当post为no时，全部的时间总结将被忽略，只有一行被打印。

Every提供将LAMMPS分成一系列短的模拟的方法。可选的，在每个短模拟之间可以加入一个或多个LAMMPS命令。Every必须是最后一个关键字，因为它包含很多不同的arguments。每一个添加的arguments是LAMMPS的一个单独命令，每个命令需要用引号引起来，这样整个命令被当作一个argument。This will also prevent any variables in the command from being evaluated until it is executed multiple times during the run. 注意：如果这些命令需要arguments（例如print），那么你需要结合双引号和单引号。

Every命令使用时，会进行N步总的模拟，其中多个M步短模拟。在M步之后，特定的命令会被引用。如果为NULL那么，不会执行命令，下面的例子：

Variable q equal x[100]

Run 6000 every 2000 “print ‘Coord = $q’”

等价于

Variable q equal x[100]

Run 2000

print “Coord = $q”

Run 2000

print “Coord = $q”

Run 2000

print “Coord = $q”

运行了3次2000步，并打印特定原子的x坐标。注意变量$q每次输出时都会被重新计算。

注意利用行连接符&，可以将run的每个命令跨行书写，仍然是一个命令：

Run 100000 every 1000 &

“print ‘Minimum value = $a’” &

“print ‘Maximum vale = $b’”&

“print ‘Tem = $c’”

如果pre和post选项设为no时，并使用了every关键字，那么第一次运行时会进行全部的设置，在运行结束时打印所有的时间统计，但在中间的Run中这些操作均不进行。

注意：你可能希望通过设定一个命令导出循环。例如

variable t equal temp

run 10000 every 100 “if ‘$t < 300.0’ then ‘jump SELF afterrun'”

但这不能实现。Run命令一次值运行一个命令，然后继续运行。你可以利用quit命令代替jump命令，使LAMMPS退出运行。

Restrictions:

When not using the upto keyword, the number of specified timesteps N must fit in a signed 32-bit integer, so you are limited to slightly more than 2 billion steps (2^31) in a single run. When usingupto, N can be larger than a signed 32-bit integer, however the difference between N and the current timestep must still be no larger than 2^31 steps.

However, with or without the upto keyword, you can perform successive runs to run a simulation for any number of steps (ok, up to 2^63 total steps). I.e. the timestep counter within LAMMPS is a 64-bit signed integer.