看到很多研究人员在使用msi2lmp程序将Materials Studio模型结构转换到lammps data文件时出现很多错误，且不知道原因。所以我打算根据自己以前自学的知识和使用经验，对msi2lmp程序转化pcff力场模型的相关内容写几个笔记（个人能力有限，欢迎后期指正补充）。
想要转换并使用pcff力场，那么必须先了解一下pcff力场的知识。这第一篇……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-10-31) 88490浏览 12034评论
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运行msi2lmp程序可能会出现很多错误，例如unable to find ….data（查看相关笔记）、出现多余原子的错误（查看相关笔记）等等
仔细阅读README文件是了解这个程序及分析产生错误原因的基础。因此所这个笔记对LAMMPS软件内所包含的msi2lmp工具中所带的README文件的翻译。
这个翻译可以解决使用过程中出现的某些错误。下……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-10-26) 188802浏览 18170评论
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利用LAMMPS软件模拟获得的数据实在是太多了，一共1.7T都存在服务器上。个人电脑硬盘一共才1T。之前分析数据都是把服务器中的数据拷贝到个人电脑上分析，个人电脑是windows系统，用起来比较习惯。但是这次不行了，数据总量已经超过了我的个人电脑硬盘总量。被逼无奈只能尝试直接在服务器上查看分析数据。首先第一步就涉及到图形化显示模型。
之前一直用Windows……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-10-26) 29002浏览 9020评论
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运行msi2lmp程序可能会出现很多错误，例如unable to find ….data（查看相关笔记）等
近期本人利用Materials Studio构建了一个含有石墨烯周期性结构的模型，在利用msi2lmp工具转换后发现模型出现多余原子。
想利用airebo势函数模拟石墨烯周期性结构，在利用Materials Studio软件构建石墨烯周期性……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-10-23) 43252浏览 11731评论
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