undump
语法
undump dump-ID
dump-ID为前面定义的dump命令的ID。
描述：
关闭前面定义的dump命令，使其不再执行。这个命令关闭了与dump命令相关的文件。
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舍乎
3年前 (2020-11-05) 149200浏览 15196评论
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uncompute
语法
uncompute compute-ID
compute-ID是前面定义的compute的ID
描述：
删除一个前面利用compute命令定义的compute。这同时也会清除通过compute_modify命令对compute设置的任何改变。
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舍乎
3年前 (2020-11-04) 93298浏览 13367评论
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fix_modify
语法：
fix_modify fix-ID keyword value
fix-ID是需要改变的fix的ID
可以加上一个或多个keyword/value对
keyword为temp、press、energy
temp的值是计算温度的compute ID
press的值是计算压力的compute ID
energy的值为yes 或no
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舍乎
3年前 (2020-11-03) 52581浏览 9758评论
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unfix
语法
unfix fix-ID
fix-ID是之前定义的fix命令的ID
描述：
删除之前fix命令定义的fix。这个命令同时会删除通过fix_modify命令施加给fix的其他改变。
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舍乎
3年前 (2020-11-03) 25170浏览 9968评论
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dump命令
语法：
dump ID group-ID style N files args
iD用户给dump命令定义的名字
group-ID要输出的原子组的名字
style包括atom、atom/mpiio、cfg、cfg/mpiio、dcd、xtc、xyz、xyz/mpiio、movie、molfile、local、custom、custom/mpii……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-11-02) 41584浏览 11131评论
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replicate
语法
replicate nx ny nz
nx、ny、nz是各个方向上的重复因子。
描述：
在各方向上，重复当前的构型一次或多次。例如重复因子为2 2 2时，将通过复制各个方向的区域创建一个8倍数量的原子。当重复因子为1时，模拟的区域不变。当建立了新盒子后，它也会被划分为很多盒子，然后分配给个processor（根据processors……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-11-01) 29541浏览 6712评论
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echo
语法
echo style
style可以为none、screen、log、both
描述：
这个命令决定了LAMMPS是否输出输入文件里的命令到屏幕或者log文件中。如果输入文件中存在错误，那么这个命令有助于查看最后一条执行的命令。
command-line switch –echo可以用来代替这个命令。
默认：
echo log
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舍乎
3年前 (2020-10-31) 26249浏览 6925评论
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timestep
语法：
timestep dt
dt是时间步长的大小（时间单位）
描述：
对下面的分子动力学模拟设置时间步长的大小。见units命令对时间单位的讨论。默认的时间步长与单位制的选择有关。
当run style为respa时，dt是外循环的时间步长。
默认：
temestep=0.005tau 当units =lj时
timestep=1.0f……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-10-30) 39245浏览 8539评论
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run：
语法：
run N keyword values
N步数
可以添加一个或多个关键字。
keyword为upto、start、stop、pre、every
upto没有值
start的值为N1
N1为第一步开始的时间步。
stop的值为N2
N2为运算结束的时间步。
pre的值为yes或no
post的值为yes 或no
every的值为M、c1、c……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-10-30) 94190浏览 13270评论
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fix命令
语法：
fix ID group-ID style args
ID为用户给fix命令的名字
group-ID为施加fix命令的原子组的名字
style一种类型的名字
args某些特定类型的对象
描述：
向atoms施加特定的fix命令。在LAMMPS中，fix命令是在每步的计算中或者优化过程中需要施加给体系的任何所有的操作。例如根据时间积分更新原……继续阅读 »
舍乎
3年前 (2020-10-29) 32549浏览 9410评论
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